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IMPLEMENTAO DE RVORES DE DECISO PARA PROPRIEDADES TRIDIMENSIONAIS EM LINGUAGEM PYTHON
Autor: Raphael Giordano do Nascimento e SilvaAno: I/2015
Orientador: Ana Trindade Winck
Opções: Visualizar a versão Digital do TG.
Resumo:

A bioinformtica faz uso de tcnicas computacionais para resultados biolgicos. O desenho racional de frmacos (RDD - Rational Drug Design) uma importante subdiviso da bioinformtica que trata fundamentalmente da interao das macromolculas, chamadas de receptores, e molculas menores chamadas de ligantes. O objetivo consiste em investigar o melhor encaixe entre essas duas molculas para realizar ou inibir funes especficas. Esse encaixe pode ser medido pela energia livre de ligao (FEB - Free Energy Binding). A maioria dos algoritmos de docagem molecular considera o receptor como uma estrutura rgida. Porm, um mtodo mais realista, e de melhor resultado, deve considerar no s o ligante como uma estrutura flexvel, mas tambm o receptor. Isso possvel por meio de uma tcnica chamada de dinmica molecular (DM). Aps os experimentos in silico de RDD, os melhores ligantes de um determinado receptor so testados in vitro e um novo frmaco pode surgir. O algoritmo implementado neste trabalho induz uma rvore de deciso para regresso, uma tcnica de classificao onde o atributo classe contnuo, que considera as propriedades tridimensionais para se ter um melhor resultado em relao tcnicas de induo convencionais. O algoritmo utiliza as coordenadas para dividir um nodo em duas partes, onde o tomo avaliado em termos de sua posio em um bloco que melhor represente sua posio no espao. Um especialista de domnio pode ento selecionar conformaes promissoras do receptor a partir do modelo induzido. Este trabalho trata da implementao do algoritmo 3D-Tri na linguagem Python. Essa linguagem foi escolhida devido ao seu amplo uso no contexto de minerao de dados, seu grande nmero de bibliotecas disponveis e a facilidade de escrita e leitura nessa linguagem. Testes foram realizados com dados do ligante NUNL2, conhecido inibidor da bomba de efluxo AcrB (Acriflavine resistance protein B). Esses testes resultaram em um modelo facilmente interpretado por um especialista de domnio, uma caracterstica do algoritmo 3D-Tri. Esta implementao visa acrescentar melhorias ao algoritmo e ampliar o uso do mesmo, para consequentemente contribuir no processo de RDD.
BibTeX:

@TECHREPORT{silva2015,
author = {Raphael Giordano do Nascimento e Silva},
title = {IMPLEMENTAO DE RVORES DE DECISO PARA PROPRIEDADES TRIDIMENSIONAIS EM LINGUAGEM PYTHON},
institution = {Curso de Ciência da Computação. Universidade Federal de Santa Maria.},
address = {Santa Maria},
year = {2015}
}

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